package biolean.files;

/**
 * Model sekvencie.
 * @author Rasto
 */
public class Sequence {

	public static char SEQUENCE_MARK = '>';
	private String name;
	private String data;

	/**
	 * Konstruktor
	 * @param name - Nazov sekvencie.
	 * @param Data - Data sekvencie.
	 */
	public Sequence(String name, String data) {
		this.name = name;
		this.data = data;
	}
	
	public String getName() {
		return name;
	}
	
	public String getData() {
		return data;
	}

	/**
	 * Najde podretazec v datach sekvencie.
	 * Upravi pozicie z anotacie na indexy. 
	 * Skontroluje dlzku dat.
	 * @return Vrati vysek sekvencie.
	 */
	public String extract(int start, int end) {
		start--;
		end--;
		if (data.length() >= end) {
			return data.substring(start, end);
		}
		return "";
	}
	
}
